【招标公告】单细胞ATAC(10x)测序项目（JJ20250045）采购公告

项目名称：单细胞ATAC(10x)测序项目
项目编号：JJ20250045
公告开始日期：2025-06-10 18:39:47
公告截止日期：2025-06-16 09:00:00
采购单位：西北农林科技大学
预算总价：￥***
收货地址：
采购商品：单细胞ATAC(10x)测序项目
采购数量：25
计量单位：项
技术参数及配置要求：服务平台要求： 1基于10x Genomics平台的单细胞捕获技术，通过制备细胞核悬液，用Tn5转座酶对染色质开放区的DNA进行剪切获得单细胞水平的染色质开放情况。 服务数据产出质量和数量要求： 1)文库峰形呈三峰状,三个主峰介于100bp-1000bp；2)DNA文库浓度≥1.5nM； 3)文库测序数据量≥400M reads； 4)Q30>85％； 5)测序数据基因组比对率≥80%； 6)目标捕获细胞数浮动范围在20%以内； 7)Fraction of high-quality fragments overlapping peaks > 25%； 8)Median high-quality fragments per cell > 10000； 9)TSS score > 4； 10)每个样品细胞捕获数量8000-13000之间，鉴定的细胞类型正常，包含组织实质细胞和免疫细胞等类群，与已发表文献无很大偏差； 服务分析要求 1）标准分析：a、测序数据质控：各个样本测序数据质控（reads数、测序饱和度等）与Cell Ranger分析结果质控（Estimated number of cells，Median high-quality fragments per cell，Fraction of high-quality fragments overlapping peaks等）；b、Peak对应的基因和区域注释；c、Peak的可视化分析及展示：基因热图、基因Feature plot图、基因Dot plot图等；d、细胞Cluster/样本间peak差异分析：peak差异火山图、peak表达MA图；e、功能富集分析：peak注释基因的GO功能富集分析、KEGG功能富集分析；f、细胞聚类图：细胞群体cluster聚类、t-SNE聚类及可视化，基因对应peak的可视化图；g、细胞注释图 2）高级分析内容Motif富集分析，Promoter富集分析，GSEA功能富集分析，GSVA功能富集分析，Cluster/cell/sample间相关性分析，多样本整合分析，WGCNA分析，单细胞转录组-单细胞ATAC相关性分析(需要单细胞转录组数据)等。 3）定制化分析内容a、提供邮箱、电话、微信群、线上线下会议等多种方式进行沟通和数据分析探讨；b、利用公司单细胞测序行业专业优势，及时掌握领域研究进展和情报，遇到严峻竞争事态时，向甲方提供预警和差异化研究方案；c、结合公司已有的领域知识和单细胞数据分析经验，对个性化数据分析结果进行解读研判，并制定下一步数据分析方案；d、对于文章投递过程中审稿人的提问及时协助解答，对于补充数据分析按要求进行数据分析并及时提供分析结果；e、免费进行其它合理的定制化数据分析。
预算单价：10000详情请访问原网页！